Нико Попов е роден в Бургас на 12 януари 1837 г. в семейството на иконом поп Никола и презвитера Елена. В семейството се раждат осем деца - Зоопи, Нико, Калиопа, Одисей, Роксана, Палеолог и Олимпия.
След смъртта на баща си Нико Попов поема издръжката на многолюдното семейство.
По време на Кримската война и особено след нея, в Бургас се наблюдава икономическо оживление. Нараства броят на населението. В града се заселват българи и от други краища на страната. Изградена е нова пристанищна скеля, за да обслужва засиления морски търговски трафик. През 1862 г. Бургас вече е свързан телеграфически с Цариград, Одрин (днешно Едирне) и Варна. Чрез параход на Лойд-Триестино се осъществява и ежеседмична морска връзка с Цариград и Варна. В града се наброяват четиридесет търговски фамилии. Постоянно пребивават английска, австрийска, гръцка и италианска консулски агенции. Средищен център на кааза (околия) в Сливенския санджак (окръг) след 1864 г., Бургас се налага като главен пристанищен и търговски град на югоизточните български земи. В сведение от 1862 г., неговото население наброява около 4000 души.
От първите години на българското училище Нико Попов е член на училищното настоятелство. С усърдната си работа и безрезервна помощ за учебното дело той печели доверието и уважението на общинските първенци и своите съграждани.
Бургас не остава извън обсега на целите на Вътрешната революционна организация. През 70-те години българските общински дейци и интелигенция са посветени в народното дело. Сред тях са поп Георги Джелепов, Димитър Бракалов, Койчо Райков, Стоян Шивачев, както и други бургазлии, които подпомагат изпълнението на задачите на организацията. Не е случайно, че Васил Левски започва организационната си обиколка на селищата в Айтоския и Страндажнския край от Бургас през есента
През 2006 г. Община Бургас за първи път почете своя кмет НИКО ПОПОВ издавайки нарочна пощенска картичка в тираж 1000. Днес тази пощенска картичка е колекционна и трудно може да бъде намерена.Нико Попов е свързан по бащина линия с известния род Беляне (Бимбеловци), който според летописеца му Балчо Нейков произлиза пряко от Момчил войвода и сестра му Милица. На гравюрата на проф. Васил Захариев е изобразен Маринчо Бимбелов – Страшния, един от легендарните представители от този род, живял във Факия. От този род произлиза и Стефан Караджа. Днес, някои от забележителните надгробни паметници на Бимбеловци се намират в Археологическия музей в Бургас.на 1871 г. В 1872 г. за български учител тук е назначен революционният деец Сава Катрафилов. В подготовката на Априлското въстание в града е изграден и действа сигурен канал за прехвърляне на оръжие до Сливенския революционен окръг. След въстанието турската власт изпълнява в Бургас смъртните присъди на българи, помагали на Сливенската чета. За революционна агитация и дейност след въстанието поп Георги Джелепов е арестуван и хвърлен в затвора, но там той сам слага край на живота си. Заподозрян е и Димитър Бракалов. През есента на 1877 г. турската власт го осъжда на заточение в Диарбекир (Мала Азия).
Наближава края на тежката Освободителна руско-турска война. В навечерието на победното настъпление на руските войски през Стара планина, турските жители напускат Бургас през месеците ноември и декември 1877 г. В града вече няма реална турска власт, а в околностите вилнеят банди от башибозуци и черкези. Животът и имуществото на останалото християнско население се опазва благодарение на авторитета и помощта на европейските консули. От края на декември в Бургас е настанен за охрана и турски военен гарнизон, който напуска града на 28 януари 1878 г.
На 6-ти февруари в 15 часа бургаските граждани, начело със свещеник Максим Фратев, първенците Никола Русалиев, Койчо Райков, Никола Максимов, консулите на Автстро-Унгария, Италия и Гърция посрещат руския военен отряд на полковник Лермонтов в края на града (днешното място около пресечката на улиците „Трайко Китанчев” и „Пиротска”). Тържествен молебен се отслужва в черквата „Св. Преображение Господне” и площада пред нея (днес храм „Св. Богородица”).
На следващия ден, 7-ми февруари, руската военна администрация, след като взема мнението на бургаските първенци, назначава първия градски съвет в състав: председател Нико Попов, помощник-председател Панайот Русалиев и секретари - Мавруди Стойчев и Стоян Шивачев.
От началото на своята дейност Бургаската община трябва да се справя с много проблеми, за да се нормализира животът в изоставения и отчасти опустошен град. Кметът и неговата администрация се справят изключително успешно и Бургас се превръща в силен търговски и обществен център.
„Пристанищният град Бургас беше не само голям търговски център” - отбелязват в записките си наблюдатели от онова време. Градът е депо и изходен пункт за годишен износ на десетки тонове зърнени храни от Южна България, включително и от Старозагорския край.
Постепенно в следвоенната година, животът в града се връща към своя нормален ритъм. Заслуга за това има и умелото ръководство на Бургаската община. Завършено е геодезическото заснемане, съставен е и първия кадастрален план на Бургас . С участието на общинското ръководство е изготвен проектът на първия регулационен и градоустройствен план.
Кметът Нико Попов и членовете на Градския съвет изпълняват своите задължения до изборите на 29 август 1880 г.
Нико Попов е баща на три деца, всяко от които се вписва в българската и бургаската история. Първият му син е известният български учен историк проф. д-р Петър Ников. Петър Ников е ученик и на проф. д-р Константин Иречек.
Дъщерята на Нико Попов - Елена завършва висше музикално образование в Швейцария със специалност цигулка. Сред нейните възпитаници като преподавател е Емил Чакъров - роден и израснал в Бургас, той се утвърждава като диригент с европейска и световна известност.
Твърде оскъдни са сведенията за сестрите и братята на Нико Попов. Изключение в това отношение прави Одисей - неговият по-малък брат. Той е един от най-забележителните дейци на българската православна църква - митрополит Симеон Варненски и Преславски.
На 5 септември 1905 г., на 68-годишна възраст, престава да тупти сърцето на един благороден българин, истински съпричастен с проблемите в живота на своите съграждани. На тях, на своя роден град, той служи с примерна всеотдайност и високия морал на възрожденец. Никога не позволява да бъде облагодетелстван за своята длъжност като кмет. На предизвикателствата достойно отговаря: „От сълзите и нещастието на хората, богатство не искам”. Така остава в съзнанието и спомените на съвременниците си първият кмет на Бургас. Един честен, справедлив и скромен труженик за благото на своя град. Истински строител на здравите устои на днешния Бургас.