От октомври 2013 година Бургас разполага с Морска гара, която се намира в зоната за обществен достъп на Пристанище Бургас. Там акостират пасажерски кораби от цял свят с възможност за посрещане и на големи круизни кораби.
През летния сезон от Бургас пътуват няколко корабчета- с тях може да стигнете до остров Света Анастасия.
Пристанище Бургас разполага и с яхт клуб, предлагащ безопасна стоянка за яхти и катери при дълбочина на кея до 6 метра. Наличието на кран и охрана позволява вдигането и престоя на яхти на кей за дълъг период от време.